Ngày nay, Hệ thống quản lý an toàn thực phẩm ISO 22000:2005 và Hệ thống kiểm soát an toàn thực phẩm HACCP là hai hệ thống có ý nghĩa hết sức thiết thực đối với các tổ chức Doanh Nghiệp (DN) chế biến thực phẩm. Trên thực tế, hai hệ thống này có những điểm tương đồng là đều hướng về mục tiêu giúp các DN chế biến, sản xuất thực phẩm kiểm soát các mối nguy từ khâu nuôi trồng, đánh bắt cho tới khi thực phẩm được sử dụng bởi người tiêu dùng, nhằm đảm bảo an toàn về thực phẩm. ISO 22000 và HACCP đều quy định DN muốn áp dụng phải thực hiện 7 nguyên tắc do Ủy ban Codex đưa ra nhằm xác định việc kiểm soát các mối nguy đối với thực phẩm.

Ngoài ra, khi áp dụng  ISO 22000 hay HACCP, các DN đều phải đảm bảo thực hiện các Chương trình tiên quyết (GMP, SSOP…) nhằm hạn chế các mối nguy đối với thực phẩm. Chương trình này bao gồm các yêu cầu về thiết kế nhà xưởng, thiết bị; hành vi vệ sinh, vệ sinh cá nhân; vệ sinh nhà xưởng, khử trùng; kiểm soát côn trùng; kho tàng v.v…Khi áp dụng ISO 22000 hay HACCP, các DN đều phải xây dựng một hệ thống kiểm soát bao gồm: các quá trình, thủ tục kiểm soát, hệ thống văn bản hỗ trợ v.v…